种子中重要的组成部分，具有保护种子内部结构免受外界环境影响和干扰、为种子萌发提供水分、溶解无机盐等的作用。 不同植物的种子其种皮的颜色、厚度、质地等性状不同。如水稻、小麦等禾本科作物种子的种皮较薄，呈淡黄色；花生、瓜蒌等种子种皮较厚，呈深黄色或橘红色；而核桃、栗子等的种子则具有厚韧的壳，称之为核果。但不论如何，这些性状的产生都是由于基因表达的结果。 除了种皮的性状外，形成种皮的结构也是由基因决定的。根据细胞内各种结构的排列方式，胚乳细胞可以分为2类：珠心胚乳（Caryoplast）与游离胚乳（Avicel)。其中，珠心胚乳细胞的细胞质被充满淀粉粒的细胞核所分隔，而游离胚乳细胞的细胞质与细胞核之间没有明显的界限。
通常我们吃的食物中所含的淀粉颗粒是支链淀粉。它是由许多淀粉分子通过α-1，4糖苷键联合而成的大分子的多聚糖。 而种子中的淀粉大多为直链淀粉，它是单糖以α-1，4糖苷键相连的多聚糖。虽然这两种淀粉形态接近，但它们的分子量差异很大，直链淀粉的分支度低，分子量较小。
茅涵轩优质答主种皮是种子外面的薄膜，分为外种皮和内种皮。种皮有保护种子的作用。种皮的厚薄、颜色以及表面结构根据植物种类的不同而异。较特殊的有豆科植物的种皮，它常与果皮共同参与有关，如豆类的种皮常为革质，坚硬，且与种子一同形成。在豆科植物中，有少数植物的种皮具有渗透性，如花生。多数植物的种子在贮藏期间，气体交换很少，呼吸较微弱，种皮有阻挡气体交换的作用，如果种皮透性较低，贮藏时就容易造成种子缺氧而发生生理病害。
大多数植物的种皮上有细小的微孔和孔沟，气体和水分就通过这些结构出入种子，它是决定种皮透性的主要部分。种子种皮上微孔和孔沟的数量及大小受到植物种类的影响。种皮透性还受水分含量及环境温度pH的影响。种皮透性的强弱是决定种子寿命长短的重要因素。如豆类种子，在正常贮藏条件下，由于种皮透性较低，造成种子缺氧而容易发生黄变。
禾本科及十字花科等许多蔬菜种子，贮藏时对微气控制的要求不太严格，种皮透性较强，能耐低氧和高二氧化碳的条件。种子的种皮都是在果实发育过程中由珠被发育而来的，因此，种皮的性质、厚度、颜色、粗糙、光滑程度都与果皮有关，这些物质都能影响种子透性。凡果皮较厚的种子，如莴苣、芹菜等，种皮也较厚，且内种皮和果皮一起参与有关，贮藏时，微气控制的要求较高，应给予充足的氧气，能经久贮藏。
